Szczególną uwagę zwrócono na nietoperze, które w skali kraju i Europy podlegają ochronie gatunkowej. Najdogodniejszym okresem obserwacji liczebności i składu gatunkowego jest zima czyli czas snu nietoperzy. W tym roku liczenie odbyło się pod koniec lutego, w utrudnionych warunkach związanych m. in. z zalegającą masą śniegu, która zasypała część obiektów. Z przeprowadzonych obserwacji wynika, że najczęstszym gatunkiem występującym w Twierdzy Chełmno jest gacek brunatny (Plecotus auritus) zimujący pojedynczo lub w grupie 3-4 osobników zazwyczaj w większych i co roku tych samych obiektach.

Obserwacjom objęto również dwa schrony piechoty zaadoptowane przez Towarzystwo Przyjaciół Dolnej Wisły na zimowiska tych ssaków. We wnętrzach schronów znajdują się specjalnie zamontowane ceglane ekrany a na suficie, w komorach i korytarzach pojedyncze cegły dziurawki, miejsca te znalazły swoich pierwszych lokatorów. Więcej informacji o adaptacji schronów Twierdzy Chełmno na zimowiska dla nietoperzy i czynnej ich ochronie znajdziesz tutaj.